Найден Тодоров е роден през 1974 година в Пловдив, България. Първите си уроци по пиано получава на петгодишна възраст, а едва на 16 години прави диригентския си дебют. Голямо влияние върху формирането му като диригент са оказали Александър Владигеров в България и професор Карл Йостерайхер във Виена. Завършва с отличие музикалното училище „Добрин Петков“ в Пловдив и продължава обучението си по оркестрово дирижиране в легендарния клас на професор Урош Лайовиц, хорово дирижиране при професор Гюнтер Тойринг и оперно дирижиране при професор Конрад Лайтнер в Университета за музикално и сценично изкуство във Виена. През 1996 година е поканен от йерусалимската фондация „Ленард Бърнстейн“ в Академията Рубин в Йерусалим, където специализира при диригента на Израелската филхармония Менди Родан.
През 1997 година той създава в родния си град фестивала „Тракийско лято”. Година по-късно получава първия си постоянен международен ангажимент – в Хайфа, Израел, със Северно-израелския симфоничен оркестър, където е избран между повече от 150 кандидати за постоянен диригент на оркестъра.
В следващите години Найден Тодоров гостува на сцените на редица от най-големите културни центрове в Европа, Азия, Африка и Америка, записва за американски, европейски и израелски звукозаписни компании над 130 компакт диска.
През 2000 година, само на 26 години, е поканен за Музикален директор на Пловдивската опера и филхармония, като се оказва най-младият диригент в България на такава позиция. В периода 2003-2005 работи като художествен ръководител на Оперно-филхармонично дружество Бургас. Няколко години по-късно заема тази позиция и в хор „Дунавски звуци“ в Русе. В периода 2005-2017 Найден Тодоров е директор на Държавната опера в Русе.
През 2013 година Найден Тодоров се дипломира като мениджър в областта на културата в Нов Български Университет, където през последните години е поканен да изнася лекции. От 2017 година е директор на Софийската филхармония, с която гостува на някои от най-престижните сцени в Европа – зала „Бозар“ – Брюксел, Концертхаус и Музикферайн – Виена, голямата зала на Берлинската филхармония, “Лидерхале“ - Щутгарт и др. През последните години води в България за концерти на ръководената от него Софийска филхармония едни от най-известните по света певци, диригенти и инструменталисти.
Найден Тодоров е работил с всички български държавни оркестри и оперни театри, както и с много оркестри и оперни театри в Европа, Азия, Северна и Южна Америка и Африка, между които се открояват Виенският симфоничен оркестър, Виенската народна опера, Берлинския симфоничен оркестър, Филхармонията на Богота - Колумбия, Националният оркестър на Бразилия, Филхармонията на Токио и мн. др.
През 2013 г.и 2019 г. е избран от слушателите на Българското национално радио за „Музикант на годината“. Няколко пъти получава за своята дейност и наградата „Кристална лира“. Носител е на наградата „Емил Чакъров“ през 2014 г. През 2015 г. му е присъдено званието „Почетен гражданин“ на град Русе. Удостоен е и с награди от Словашкия музикален фонд, „Ротари клуб“ – Виена, фондация „Борджезе“, наградата „София“ за постановката на операта „Фауст“ в Националната опера и балет, „Златно петолиние“ за принос към развитието на българската музика, „Златна книга“ за принос в развитието на българската култура, наградата на фондация „Джордж Уохтер“ – Швейцария и др. През 2020 г. става четвъртият носител на Наградата за хуманитаристика „Богдан Богданов“ на Нов български университет. Лауреат е в първото издание на кампанията „Българските посланици на културата“ на Българското национално радио през 2021. Заради майсторството му в създаването на международни музикални проекти и за изключителните му артистични успехи на сцените по света през есента на 2023 получава престижната италианска награда „Aquila d’Oro“.
От 2018 година Найден Тодоров става водещ на образователното предаване за класическа музика на Българската Национална телевизия – „На концерт с БНТ 2“.
През 2021 г. издава първата си книга с разкази „Полъх от ангели“.
В периода февруари-юни 2023 година е служебен министър на културата.
